#tri-methyl lys,temporary, charges are taken from lys
CONFLIST TML        TMLBK TML+1

NATOM    TMLBK      6
NATOM    TML+1      25

IATOM    TMLBK  N   0
IATOM    TMLBK  H   1
IATOM    TMLBK  CA  2
IATOM    TMLBK  HA  3
IATOM    TMLBK  C   4
IATOM    TMLBK  O   5
IATOM    TML+1  CB  0
IATOM    TML+1 1HB  1
IATOM    TML+1 2HB  2
IATOM    TML+1  CG  3
IATOM    TML+1 1HG  4
IATOM    TML+1 2HG  5
IATOM    TML+1  CD  6
IATOM    TML+1 1HD  7
IATOM    TML+1 2HD  8
IATOM    TML+1  CE  9
IATOM    TML+1 1HE  10
IATOM    TML+1 2HE  11
IATOM    TML+1  NZ  12
IATOM    TML+1  CH1 13
IATOM    TML+1  CH2 14
IATOM    TML+1  CH3 15
IATOM    TML+1 1HC1 16
IATOM    TML+1 2HC1 17
IATOM    TML+1 3HC1 18
IATOM    TML+1 1HC2 19
IATOM    TML+1 2HC2 20
IATOM    TML+1 3HC2 21
IATOM    TML+1 1HC3 22
IATOM    TML+1 2HC3 23
IATOM    TML+1 3HC3 24

ATOMNAME TMLBK    0  N  
ATOMNAME TMLBK    1  H
ATOMNAME TMLBK    2  CA 
ATOMNAME TMLBK    3  HA 
ATOMNAME TMLBK    4  C  
ATOMNAME TMLBK    5  O  
ATOMNAME TML+1    0  CB 
ATOMNAME TML+1    1 1HB 
ATOMNAME TML+1    2 2HB 
ATOMNAME TML+1    3  CG 
ATOMNAME TML+1    4 1HG 
ATOMNAME TML+1    5 2HG 
ATOMNAME TML+1    6  CD 
ATOMNAME TML+1    7 1HD 
ATOMNAME TML+1    8 2HD 
ATOMNAME TML+1    9  CE 
ATOMNAME TML+1   10 1HE 
ATOMNAME TML+1   11 2HE 
ATOMNAME TML+1   12  NZ 
ATOMNAME TML+1   13  CH1 
ATOMNAME TML+1   14  CH2 
ATOMNAME TML+1   15  CH3
ATOMNAME TML+1   16 1HC1
ATOMNAME TML+1   17 2HC1
ATOMNAME TML+1   18 3HC1
ATOMNAME TML+1   19 1HC2
ATOMNAME TML+1   20 2HC2
ATOMNAME TML+1   21 3HC2
ATOMNAME TML+1   22 1HC3
ATOMNAME TML+1   23 2HC3
ATOMNAME TML+1   24 3HC3






#1.Basic Conformer Information: name, pka, em, rxn.
PROTON   TML+1      +1
PKA      TML+1      10.8
ELECTRON TML+1      0
EM       TML+1      0.0
RXN      TML+1      -19.8

#2.Structure Connectivity
#23456789A123456789B123456789C123456789D123456789E123456789F123456789G123456789H123456789I
#23456789A123456789B123456789C123456789D123456789E123456789F123456789G123456789H123456789I
#ONNECT   conf atom  orbital  ires conn ires conn ires conn ires conn
#ONNECT |-----|----|---------|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
CONNECT  TMLBK  N   sp2       -1    C   0     CA  0     H
CONNECT  TMLBK  H   s         0     N
CONNECT  TMLBK  CA  sp3       0     N   0     C   0     CB  0     HA
CONNECT  TMLBK  HA  s         0     CA
CONNECT  TMLBK  C   sp2       0     CA  0     O   1     N
CONNECT  TMLBK  O   sp2       0     C
CONNECT  TML+1  CB  sp3       0     CA  0     CG  0    1HB  0    2HB
CONNECT  TML+1 1HB  s         0     CB
CONNECT  TML+1 2HB  s         0     CB
CONNECT  TML+1  CG  sp3       0     CB  0     CD  0    1HG  0    2HG
CONNECT  TML+1 1HG  s         0     CG
CONNECT  TML+1 2HG  s         0     CG
CONNECT  TML+1  CD  sp3       0     CG  0     CE  0    1HD  0    2HD
CONNECT  TML+1 1HD  s         0     CD
CONNECT  TML+1 2HD  s         0     CD
CONNECT  TML+1  CE  sp3       0     CD  0     NZ  0    1HE  0    2HE
CONNECT  TML+1 1HE  s         0     CE
CONNECT  TML+1 2HE  s         0     CE
CONNECT  TML+1  NZ  sp3       0     CE  0     CH1 0     CH2 0     CH3
CONNECT  TML+1  CH1 sp3       0     NZ  0    1HC1 0    2HC1 0    3HC1 
CONNECT  TML+1  CH2 sp3       0     NZ  0    1HC2 0    2HC2 0    3HC2
CONNECT  TML+1  CH3 sp3       0     NZ  0    1HC3 0    2HC3 0    3HC3
CONNECT  TML+1 1CH1 s         0     CH1
CONNECT  TML+1 2CH1 s         0     CH1
CONNECT  TML+1 3CH1 s         0     CH1
CONNECT  TML+1 1CH2 s         0     CH2
CONNECT  TML+1 2CH2 s         0     CH2
CONNECT  TML+1 3CH2 s         0     CH2
CONNECT  TML+1 1CH3 s         0     CH3
CONNECT  TML+1 2CH3 s         0     CH3
CONNECT  TML+1 3CH3 s         0     CH3


#23456789A123456789B123456789C123456789D123456789E123456789F123456789G123456789H123456789I

#3.Atom Parameters: Partial Charges and Radii
# Radii from "Bondi, J.Phys.Chem., 68, 441, 1964."
RADIUS   TML    N   1.50
RADIUS   TML    H   1.00
RADIUS   TML    CA  2.00
RADIUS   TML    HA  0.00
RADIUS   TML    C   1.70
RADIUS   TML    O   1.40
RADIUS   TML    CB  2.00
RADIUS   TML   1HB  0.00
RADIUS   TML   2HB  0.00
RADIUS   TML    CG  2.00
RADIUS   TML   1HG  0.00
RADIUS   TML   2HG  0.00
RADIUS   TML    CD  2.00
RADIUS   TML   1HD  0.00
RADIUS   TML   2HD  0.00
RADIUS   TML    CE  2.00
RADIUS   TML   1HE  0.00
RADIUS   TML   2HE  0.00
RADIUS   TML    NZ  1.50
RADIUS   TML    CH1 2.00
RADIUS   TML    CH2 2.00
RADIUS   TML    CH3 2.0
RADIUS   TML   1HC1 0.00
RADIUS   TML   2HC1 0.00
RADIUS   TML   3HC1 0.00
RADIUS   TML   1HC2 0.00
RADIUS   TML   2HC2 0.00
RADIUS   TML   3HC2 0.00
RADIUS   TML   1HC3 0.00
RADIUS   TML   2HC3 0.00
RADIUS   TML   3HC3 0.00

CHARGE   TMLBK  N    -0.350
CHARGE   TMLBK  H     0.250
CHARGE   TMLBK  CA    0.100
CHARGE   TMLBK  C     0.550
CHARGE   TMLBK  O    -0.550
CHARGE   TML+1  CB    0.000
CHARGE   TML+1  CD    0.000
CHARGE   TML+1  CE    0.330
CHARGE   TML+1  NZ   -0.320
CHARGE   TML+1  CH1   0.330
CHARGE   TML+1  CH2   0.330
CHARGE   TML+1  CH3   0.330

#=========================================================================
#        GRP   #      BOND     AFFECTED_ATOMS
#123456789012345678901234567890
#-------|---|----|-|---------|----|----|----|----|----|----|----|----|----
ROTAMER  TML   0     CA - CB   CG   CD   CE   NZ   CH1  CH2  CH3
ROTAMER  TML   1     CB - CG   CD   CE   NZ   CH1  CH2  CH3
ROTAMER  TML   2     CG - CD   CE   NZ   CH1  CH2  CH3
ROTAMER  TML   3     CD - CE   NZ   CH1  CH2  CH3
#=========================================================================

